Polen filtresini temizleme işlemi sırasında sadece basınclı hava uygulanabilir. Ancak polen filtresine temas eden havanın sıcak olmaması gerekir. Ayrıca işlem sırasında filtrenin doğrudan guneş ışığına ya da farklı bir ısıtıcı kaynağın ışınlarına maruz kalmaması da onemlidir. Son olarak toz ve polen gibi alerjenlere karşı duyarlılıkları olan kişilerin araclarındaki polen filtrelerinin temizlenmesinin yerine değiştirilmesi onerilmektedir.