2013 yılında Ayrılıkceşmesi ile Kazlıceşme arasında 5 istasyonda yolcu taşımacılığına başlayan Marmaray raylı sistem hattında, ucret tarifeleri UKOME tarafından aktarma ucreti uygulanacak şekilde belirlenmişti. 2019 yılı mart ayına kadar aktarma ucreti bu şekilde uygulanmıştı. 2019 yılında Gebze-Halkalı arasında 43 istasyonun tamamının işletmeye alınmasının ardından, bir onceki İBB yonetiminin aldığı UKOME kararıyla, Marmaray Hattı'nın "aktarma almayacağı, aktarma vereceği" karar altına alınmıştı.
[h=3]YENİ YONETİM TEKRAR TEKLİF ETTİ[/h]Yeni İBB yonetiminin, şubat 2020'de UKOME'ye sunduğu teklifle, Marmaray'ın yeniden aktarma uygulamasına dahil edilmesi sağlandı. Boylece İstanbulluların aktarma imkÂnı ile daha uygun bir ucret odeyerek, Marmaray'dan faydalanmaları sağlandı. Hat, diğer tum raylı sistem hatlarının yanında, metrobus, otobus ve minibus hattıyla entegre hale getirildi. Alınan kararla, metrobusun yoğunluğun bir kısmının Marmaray hattına kaydığı da tespit edildi.

[h=3]TCDD DAVA ACTI[/h]Ancak, TCDD tarafından acılan dava sonucunda; Temmuz 2020'de UKOME kararında yer alan elektronik bilet ucret duzenlemelerinin Marmaray ile ilgili hukumler iceren kısımlarının yurutmesinin durdurulmasına karar verildi. İBB, hemen Bolge İdare Mahkemesi'ne itirazda bulundu ve koşulları oluşmayan yurutmenin durdurulması talebinin reddine karar verildi. 6 Kasım tarihinde, İstanbul 10. İdare Mahkemesi TCDD'nin acmış olduğu davaya istinaden, "TCDD'ye ağır kulfet getireceği ve bu duzenlemenin hangi sebeple yapıldığı somut tespitlere yer verilmediği" gerekcesiyle, yeniden yurutmenin durdurulmasına karar verdi. İBB, bu kararı da Bolge İdare Mahkemesi'ne taşıdı ve hukuki surec devam ediyor.