Dağıtımdan dağıtıma, aynı zamanda kurulum şekline gore değişiklik gosterebilecek bir konu.
Bilgim dahilinde acıklamaya calışacağım.

Paket yonetim sistemleri
Paket yonetim sistemleri dağıtımlar gibi ceşitlilik gostermektedir apt, pacman, zypper ve dnf gibi yetenekleri eşit olmayabilir.
Paket yoneticiler uygulama paketini kaldırırken ozel parametreler kullanmadıkca sistemden paketin tum dosyalarını tamamen kaldırmaz. Hatta ozel parametreler kullanıldığında dahi log dosyaları gibi artıklar sistemde kalabilir.

Ornek olarak apt-get remove paket komutu ardında yapılandırma dosyalarını ve bu paketin bağımlılığı olarak kurulan diğer paketleri de bırakırken apt-get purge paket komutu yapılandırma dosyalarını ve bağımlılık olarak kurulan paketleride kaldıracaktır.

Bu konuda birde pacman'den ornek vermek gerekirse
pacman -R paket komutu sadece paketi kaldıracaktır.
pacman -Rcsn paket komutu apt orneğinde olduğu gibi yapılandırma dosyaları ve bağımlılıkları da kaldıracaktır. Fakat diğer tarafatan -Rcsn parametresinin tecrubesiz kişiler tarafından kullanımı tavsiye edilmez.

Paket yoneticilerinin daha ayrıntılı kullanımını dağıtımların wiki sayfalarından veya man sayfalarından elde edebilirsiniz.
man pacman man apt

Peki ek parametreler yeterli mi ? bazı durumlarda hayır yeterli değildir. Kaldırılan paket orneğin samba diyelim, log tutması icap eden bir program olduğu icin dosyaları olduğu gibi kalacaktır. Kaldırılmış bir paketin log dosyalarını root yetkisi kullanarak kendiniz silebilirsiniz, veya bleachbit gibi programlar ile temizleyebilrsiniz.

Sisteme kurulan bir paketin normal kullanıcı tarafından da calıştırılma yetkisi var ise, ek olarak ev dizininde /home/yolcu/.mozilla gibi ismi nokta ile başlayan yapılandırma dizin veya dosyaları oluşacaktır. Paketin kaldırılması bu dizin veya dosyaları silmeyecektir, kendiniz silebilirsiniz. Bleachbit programı bu dosya ve dizinleri silmeyecektir.

Cekirdek (Kernel)
Log dosyaları, kullanıcıya ait yapılandırma dosyaları haricinde birden fazla kernel sistemde olabilir.
Arch linux gibi yuvarlanan surum (rolling relase) dağıtımlarda, kernel diğer paketler gibi eski surumun uzerine kurulur. Kullanıcı ek olarak farklı bir kernel daha kurmadı ise sistemde her zaman tek kernel kuruludur.

Donemsel surum cıkaran dağıtımlarda kernel paketi eskisinin uzerine kurulmaz. Sistemde zamanla birden cok kernel surumu bulunabilir ve yeni surum sorunsuz calışıyor ise eskileri kaldırılabilir.

Log ve tmp dizinleri
Tmp dizini (/tmp) gecici sistem dosyalarını barındırır. Systemd gibi init servisi ile otomatik olarak temizlenir.
Mudahale gerektirmez.
systemd-tmpfiles-clean.service

Log dizini (/var/log/) ceşitli servis ve programların calışma kaydının depolandığı dizindir, uzun sureli kullanımlarda boyutu bir kac gb olabilir. Bunun icin bazı dağıtımlar kurulum esnasında, tutulacak kayıt miktarını veya boyutunu sınırlandırabiliyor.
Ornek olarak manjaro architect kurulumu bu opsiyona sahiptir.
Security and systemd Tweaks │ │ ├── Amend journald Logging │ │ ├── Disable coredump Logging │ │ └── Restrict Access to Kernel Logs
Manjaro Architect ile Kurulum - Manjaro Linux wiki.manjaro.org



Dikkat Log dizini boyutu cok artmış ise doğrudan rm gibi komutlar kullanarak silmeyiniz. Rm komutu sadece kaldırılmış programın log kayıtlarını silmek icin kullanılabilir.

Loglar icin limit belirleme veya el ile temizlik yapılabilir, kullandığınız dağıtımın wiki sayfasına bakınız.
Ornek systemd/Journal - ArchWiki
systemd/Journal - ArchWiki wiki.archlinux.org