MySQL, diğer sistemlerle uyumlu olacak şekilde tasarlanmıştır. MySQL icin Amazon RDS, MariaDB icin Amazon RDS ve MySQL icin Amazon Aurora gibi sanallaştırılmış ortamlarda dağıtımı destekler. Kullanıcılar, AWS Schema Conversion Tool ve AWS Database Migration Service gibi veritabanı taşıma araclarını kullanarak verilerini bir SQL Server veritabanına aktarabilirler.

SQL Server ve MySQL arasındaki veritabanı nesnesi anlambilimi benzerdir, fakat aynı değildir. SQL Server ’dan MySQL ’e geciş yaparken dikkat edilmesi gereken mimari farklılıklar vardır. MySQL ’de, bir veritabanı ile bir şema arasında bir fark yoktur; oysa SQL Server ikisini ayrı varlıklar olarak gorur.