Mangada anime hikaye gidişine gore bazı farklılıklar bulunmaktadır bunların bazılarını şoyle sıralayabiliriz; - Doktor Marcoh olmemiştir. - Nina'nın gecmişinde birşey olmamıştır. - Animede Nina hafızasında gecmişe donuş anıları bulunmaktayı Ed daha ulusal simyacı olmadan once. Mangada bu geri donuşler yoktur. Onlar Lior'a giderler, trende olayda Tucker biyolojik değişimler icin calışıyordu. Ed sınavdan gecip ulusal simyacı olmadan once Tucker'ın ve Nina'nın olayı oldu. - Anime de Tucker bir chimera'ya donuşmuştu ve Nina'yı geri getirmeyi kafasına takmıştı fakat mangada Scar Tucker'ı ve aynı zamanda Nina/Alexander'ı oldurdu. - Barry the Chopper olmedi. - Mangada Greed Wrath tarafından oldurulmuştu Baba tarafından sonradan yaşarken kaynatıldı, anime de onu Ed oldurdu. - Manga da Lust Wrath'tan ziyade Roy tarafından olduruldu. Wrath anime de oldurmuştu. - Manga da ikinci bir Greed ortaya cıktı. - Gluttony manga da daha farklı oldu. - Ana kotu kişi manga da Baba'ydı, anime de ise Dante. - Greed 5. laboratuarda asla alıkoyulmadı. - Greed'in chimera arkadaşları manga da Wrath tarafından olduruldu. - Wrath manga da haysiyetliydi anime de mangada gorulduğu gibi gercekten değildi. - Dante ve Albay Archer manga da cıkmadılar, Xing karakterleri ve Baba anime de yoktu. - Kimbley'in manga da onemli bir yeri yoktu. - Sloth, Trisha Elric'e benzerde değildi gercekte manga da Sloth'un acık bir resmi gorulmedi. - Lust anime de Ed ve Scar'a yardım etmeyi deniyordu ama manga da bu kadar iyi değildi.. - Manga da homunculiler bir filozof taşı verilerek insan donuşumden yaratılmıyordu, onların henuz nelerden yapıldığı soylenmedi. - Ed'in saatindeki tarih mangada Ekim.3.11' idi ve animede Ekim.03.10'du. - Bir gece de gozden kaybolan şehir, anime de Amestris'in altında eski bir şehirdi fakat manga da Xerves'in şehriydi, (şimdi viran bir haldedir) Mukemmel Col'de kuruluydu Ishvar ve Xing arasında. - Anime de Winry'nin ailesi Roy tarafından olduruldu fakat manga da Scar tarafından oldurulmuştu. __________________