Enzimler başardıkları işler yanında calışma şekilleride hayli ilginctir.Bir enzim sahip olduğu 3 boyutlu yapısıyla yanlızca bir kimyasal tepkimeyi katalizleyebilir.Bir kimyasal tepkimeye giren enzim başka hicbir kimyasal reaksiyona girmez.
Reaksiyona giren enzimi bir "U" şekli olarak duşunursek bu enzimin icine yerleşecek madde (substrat) ancak cubuk şeklinde olmak zorundadır.Eger kimyasal maddeler daire, kare veya başka tip sekillerde olursa enzim tarafından katalizlenemez.
Şekilde gorulen animasyonda bir enzimin calısması cok guzel bir bicimde tasvir edilmiş.Enzim tıpkı bir "E" harfine benzetilmiştir (yeşil renkli).Enzimin, uzerinde değişiklik meydana getirdiği madde ise sarı olarak gosterilmiş (substrat).
Enzim E şeklinde olmasına karşılık etki ettiği madde tam ona uyacak şekildedir.Eger etkiledigi madde U şeklinde değilde F veya T gibi başka şekillere benzeseydi o takdirde kimyasal tepkime gercekleşmeyecekti.Bu ise enzimleri birbirinden ayıran en onemli ozelliktir.
Enzimden ayrılan kırmızı ve mavi şekiller ise etki ettiği maddenin son şeklidir.Yani A maddesi B + C maddesine donuşmuştur. Basit bir animasyonla gorduğumuz bu enzim-substrat işlemini birde gercek haliyle gorelim.