Bakan Yardımcıları konusunda gorev surelerinin belirsizliği bakımından bazı hususlar goze carpmaktadır! Bakan Yardımcıları atandıkları andan itibaren otomatik olarak kadroları ihdas edilmiş sayılmaktadır. Bilindiği uzere 1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Teşkilatı Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 504 uncu maddesinde, "(1) Bakan Yardımcıları, bakanın emrinde ve onun yardımcısı olup bakanlık hizmetlerini bakan adına ve bakanın direktif ve emirleri yonunde, bakanlığın amac ve politikalarına, kalkınma planlarına ve yıllık programlara, stratejik plan ve performans hedefleri ile hizmet gereklerine, mevzuat hukumlerine uygun olarak duzenler ve yurutur. Bu amacla bakanlık teftiş kurulu haric bakanlık kuruluşlarına gereken emirleri verir ve bunların uygulanmasını gozetir ve sağlar.
(2) Bakan Yardımcıları yukarıda belirtilen hizmetlerin yurutulmesinden Bakana karşı sorumludur.
(3) Bakan yardımcısı kadroları atama işlemi yapıldığı anda herhangi bir işleme gerek kalmaksızın ihdas edilerek Genel Kadro ve Usulu Hakkında Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin ilgili bolumlerine eklenmiş sayılır.
(4) Bakan Yardımcısı kadrosuna atananların varsa emeklilik veya yaşlılık aylıkları kesilmez. Ayrıca bu kadroya atanmadan once veya atandıktan sonra emeklilik ya da yaşlılık aylığına hak kazananlara, talep etmeleri halinde mevcut gorevleriyle ilişikleri kesilmeden emeklilik veya yaşlılık aylığı bağlanır." hukmu yer almaktadır.
Ekli (I) sayılı cetvelde yer alan unvandakilerin gorev suresi konusunda bazı sorunlar yer almaktadır. Ozellikle Bakan Yardımcılarının kadrolarının atandıkları andan itibaren otomatik olarak ihdas edildiği goz onunde bulundurulduğunda, gorev suresi sona erdiğinde ise kadrolarının otomatik olarak iptal edilmiş sayılacağı anlamı ilgili mevzuat hukumlerinden anlaşılmaktadır. Ancak, yerlerine yenisi atanana kadar gorevlerine devam edecekleri hususu bunların gorev ve yetkilerini kullanmaya devam edebileceği anlamına gelecek şeklinde yorumlanabilir.
Diğer taraftan, 3 sayılı Ust Kademe Kamu Yoneticileri ile Kamu Kurum ve Kuruluşlarında Atama Usullerine Dair Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinde, Bakan Yardımcılarının Cumhurbaşkanı kararıyla atanacağı, Bakan Yardımcılarının da yer aldığı ekli (I) sayılı cetvelde yer alan, Valiler, Genel Mudurler, Strateji Geliştirme Başkanları vb. unvandakilerin gorev suresinin atandıkları tarihte gorevde bulunan Cumhurbaşkanının gorev suresini gecemeyeceği, Cumhurbaşkanının gorev suresi sona erdiğinde bunların gorevinin de sona ereceği, ancak bunların, yerlerine atama yapılıncaya kadar gorevlerine devam edeceği ve gorev suresi sona erenlerin yeniden atanabileceği ve bunların gorev suresi dolmadan da gorevden alınabileceği hukme bağlanmıştır.
3046 sayılı Kanun, 703 sayılı KHK'nın ilgili hukumleri uyarınca neredeyse tum maddeleri kaldırılmış ve mulga Kanun niteliği taşımaktadır. Bakan Yardımcılarına yapılacak aylık ucret odemesi ve Bakanlıkların bağlı, ilgili ve ilişkili kuruluşlarının değişikliği konusu dışında bir hukme yer vermeyen bu Kanunun acilen yururlukten kaldırılması ve maddelerinin mer'i mevzuatta ilgili yerlere eklemlenmesi gerekmektedir.

Ayrıca, 3046 sayılı Kanunda Bakan Yardımcılarının mali hakları duzenlenmiştir. 3046 sayılı Kanun daha once Bakanlıkların Kuruluş ve Gorev Esaslarını duzenlemekteydi. Yeni sistemde Bakanlıkların kuruluş ve gorevleri 1 sayılı CBK'da duzenlenmektedir.
Bu itibarla, 1 sayılı CBK madde 504 un devamına, usul ve esasları belirlemek adına Bakan Yardımcıları konusunda ekleme yapılabilir. Atanacak Bakan Yardımcısı sayısının ust sınırı belirsizdir. Dolayısıyla "Bir Bakanlığa en fazla 7 Bakan Yardımcısı atanabilir. Bu sayının belirlenmesinde Cumhurbaşkanı yetkilidir." şeklinde bir hukum eklenip Bakanlıkların iş tanımları cercevesinde sayıları değişmekle birlikte Bakan Yardımcıları atanmasında reel bir gosterge belirlenmiş olacaktır. Bakanlıklardaki Genel Mudurluklerin ve işlerin yoğunluğu dikkate alınarak Bakan Yardımcılarının sayısı yeniden belirlenmeli ve atamalar daha cok Bakanlığın ilgisine gore gorev almış kişilerden secilmelidir.
Ayrıca gorev suresi atandığı donemdeki Cumhurbaşkanının gorev suresiyle sınırlı olan ve kadrolarının otomatik ihdas edildiği Bakan Yardımcılarının konumunun daha net şekilde belirlenmesi icin yururlukteki mevzuatta duzenleme yapılması uygun olacaktır. Aksi takdirde gorev suresi sona erdiğinde kadrolarının otomatik ihdas/iptal yontemi benimsenmiş olan Bakan Yardımcılarının goreve devam etmesi konusunda muğlaklık devam edecektir. Mevcut durumda mezkur CBK'nın (I) sayılı cetvelinde yer alan diğer unvandakiler icin (valiler, genel mudurler vb.) bu konuda otomatik kadro ihdas iptal yontemi benimsenmediği icin daha az muğlaklık olacaktır. Ancak tum unvandakiler icin yukarıda yer verilen hukum ve acıklamalar cercevesinde gorev suresi ve kadroların ihdas ve iptal konusunda yeni bir duzenleme yapılması yerinde olacaktır.