TFF 1. Lig'de 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak tarihinde ilk kez Super Lig'e yukselen sarı-siyahlı ekip, onceki yıllarda yakaladığı başarılı grafiğin bu sezon cok uzağında kaldı. Malatya ekibi, Super Lig'deki ilk yılı olan 2017-2018 sezonunu 43 puanla 10. sırada tamamladı. En iyi performansını 2018-2019'da sergileyen Malatya ekibi, 13 galibiyet, 8 beraberlik ve 13 mağlubiyet ile 47 puan topladığı sezonu 5'inci sırada tamamlayarak, Avrupa kupalarına katılım bileti almayı başardı. Yeni Malatyaspor, 2018-2019 sezonu UEFA Avrupa Ligi 3. eleme turunda eşleştiği Sırbistan temsilcisi Partizan'a karşı ilk macta 3-1 kaybedip, ikinci macı 1-0 kazanmasına karşın elenmekten kurtulamadı. Malatya ekibinde 2019-2020 sezonu kotu gecti. Sarı-siyahlılar, soz konusu donemde 34 macta sadece 32 puan toplayıp, sezonu kume duşme hattı icinde 16. sırada bitirdi. Turkiye Futbol Federasyonunun (TFF) yeni tip koronavirus (Kovid-19) salgını nedeniyle kume duşmeyi kaldırmasıyla Yeni Malatyaspor, tekrar Super Lig'de mucadele etme şansı buldu. 2020-2021 sezonunda da istediği performansı sergileyemeyen Yeni Malatyaspor, 45 puanla 15'inci sırada yer alarak kumede kalmayı başardı. Super Lig'de beşinci sezonunu geciren sarı-siyahlılar, bu donem aldığı sonuclarla taraftarlarını uzdu. Sezona buyuk umutlarla başlayan, kadrosunun neredeyse tamamını yenileyen Malatya ekibi, istediği performansı sahaya yansıtamadı. İlk yarıyı 15 puanla tamamlayan Malatya ekibi, ikinci yarıda da kotu gidişatı durduramadı. Son macında konuk ettiği GZT Giresunspor'a 1-0 yenilen Yeni Malatyaspor'un, bitime 6 hafta kala kume duşmesi kesinleşti. Malatya ekibi, beş sezon gecirdiği Super Lig'de 10 teknik adamla calıştı. Super Lig'deki ilk yılına Ertuğrul Sağlam ile başlayan sarı-siyahlılar, ardından Erol Bulut ile soz konusu sezonu kapattı. 2018-2019 sezonunda da Erol Bulut ile yola devam eden Malatya ekibi, 2019-2020 sezonunun ilk yarısında teknik direktor Sergen Yalcın idaresinde musabakalara cıktı. Sergen Yalcın'ın ayrılması sonrası sezonun ikinci yarısında ilk olarak Kemal Ozdeş'le anlaşan Malatya temsilcisinde, 5 macta galibiyet alınamaması sonrası bu kez Hikmet Karaman goreve getirildi ve sezon bu şekilde tamamlandı. Bu sezon ilk olarak takımı Super Lig'e taşıyan teknik direktor İrfan Buz'la yola cıkan Malatya ekibinde, ardından sırasıyla Marius Sumudica, Adem Buyuk, Alaattin Gulerce ve Cihat Arslan gorev aldı. Buz idaresinde oynadığı 8 macta, 6 mağlubiyet yaşayıp, 2 galibiyet alan Malatyaspor, sonrasında Rumen teknik direktor Marius Sumudica ile el sıkıştı. Sumudica yonetiminde cıktığı ilk macta Adana Demirspor'u deplasmanda 2-0 yenen sarı-siyahlılar, ardından Altay'ı 2-1 mağlup ederek iyi bir başlangıc yaptı. İlk 2 macında Doğu Anadolu ekibine 6 puan kazandıran Sumudica, sonrasında duşuşe gecti. Sarı-siyahlı takımın başında yer aldığı 15 karşılaşmada 2 galibiyet, 4 beraberlik, 9 da mağlubiyet yaşayan Rumen teknik adam, Malatya macerasında sadece 10 puan toplayabildi. Ligin 24.haftasında deplasmanda 1-0 kaybedilen Fatih Karagumruk macı sonrası Sumudica ile yollar ayrılırken, takım kaptanı olan Adem Buyuk, futbol sorumlusu olarak goreve başladı. Sarı-siyahlılar, Buyuk yonetiminde 3 macta 3 mağlubiyet alınca, kendisiyle devam edilmedi. Ardından 27. haftada deplasmanda Hatayspor ile oynanan karşılaşmaya teknik direktor Alaattin Gulerce yonetiminde cıkan sarı siyahlılar, bu musabakayı ise 5-2 kaybetti. Super Lig'de 27. hafta sonunda 4 galibiyet, 5 beraberlik, 18'de mağlubiyet yaşayıp, 17 haftadır mac kazanamayan Yeni Malatyaspor'da bu kez takımın başına Cihat Arslan getirildi. 28. haftada sarı siyahlı takımın başına gecen 52 yaşındaki teknik adam, cıktığı ilk macta Adana Demirspor'u 1-0 mağlup etti. Arslan, şu ana kadar Yeni Malatyaspor'un başında cıktığı 5 karşılaşmada 1 galibiyet, 4'te mağlubiyet yaşadı.