Proteinin 3 boyuta katlanmasının bilgisayar ortamında taklit edildiği araştırma, hucredeki mucizevi yaratılışı bir kez daha gozler onune serdi. Stanford Universitesi fizik kimyageri Vijay Pande?nin yuruttuğu calışmada, protein katlanmasını simule edebilecek bir bilgisayar ağı oluşturuldu. Ancak protein katlanmasında gercekleşen işlemler o kadar fazla ki, bunları başarılı bir şekilde taklit edebilmek icin internet gonullulerine ait tam 30.000 bilgisayar kullanıldı (1). İki yıl boyunca surdurulen veri toplama işinde bilgisayarlar bir milyon saatten fazla calıştı (2).
Protein Katlanması ve Mikrosaniye Bariyeri
Proteinlerin yapı taşları aminoasit denen normalden daha kucuk molekullerdir. Aminoasitler 20 farklı ceşitte bulunur. Belli aminoasit turlerinin belli sırayla ucuca eklenmesiyle belli proteinler oluşur. Aminoasitler bir zinciri meydana getiren halkalar gibidir. Ancak ortaya cıkan protein basit bir zincir ozelliğinde değildir. Eğer sıralamada en ufak bir hata olursa protein hicbir işe yaramayacaktır. Hatalı katlanmalar bazen olumle sonuclanabilecek hastalıklara sebep olur.
Bu tur hastalıkları onlemeye calışan bilim adamları icin oncelikle protein katlanmasının detaylarını oğrenmek onem taşıyor. Ancak, son derece hızlı bu işlemin labarotuvar ortamında verimli şekilde izlenme şansı bulunmuyor. Cunku protein katlanması, sure olarak saniyenin milyonda birinde gercekleşiyor. Bilim adamları bu engeli “Mikrosaniye bariyeri” olarak adlandırıyor.
“Protein katlanmasını simule etmeyi bu kadar zor kılan faktorlerden birisi, olağanustu hızlı gercekleşmesi” diyor Pande.
Basit bir protein hucreleremizde hızla ve kolaylıkla uretilebildiği halde, aynı işlemi sanal olarak bir bilgisayarın gercekleştirmesi cok daha uzun suruyor. Hatta bilgisayar, hucreden milyarlarca defa daha ağır kalıyor. Pande bu farkın altını şoyle ciziyor:
“Proteinlerin saniyenin milyonda biri gibi zaman dilimlerinde katlandığı bilinmektedir, ancak ortalama bir bilgisayarın saniyenin milyarda biri kadar surecek bir protein katlanması simulasyonunu tamamlaması bir tam gununu alır”.
Pande ve calışma arkadaşları inceledikleri proteinin, yalnızca 8 mikrosaniye yani saniyenin milyonda 8 i kadar bir surede katlandığını ortaya cıkardılar.
Protein katlanması bir mimari projeye benzetilebilir. Proteinin hangi aminoasit dizilimine sahip olacağının bilgisi DNA'da kodlanmıştır. Boylece DNA'yı bu projenin planına benzetmek mumkundur. Hucrelerimizde meydana gelen bu super hızlı işlemin her aşamasında DNA'daki bilgi ‘okunur’ ve uygulanır. Boylece mimari proje hatasız olarak tamamlanır.
Bu durumda apacık bir gercekle yuzyuze kalırız: Şuursuz atomları ustun Akıl sahibi Rabbimiz her an yonetmektedir. Allah, sonsuz Akıl sahibidir ve ilmiyle herşeyi kuşatmıştır. Dev galaksilerden mikroskobik molekullere kadar herşey O’nun kontrolu altındadır. Rabbimiz Kuran'da şoyle buyurur:
"Allah, yedi goğu ve yerden de onların benzerini yarattı. Emir, bunların arasında durmadan iner; sizin gercekten Allah'ın her şeye guc yetirdiğini ve gercekten Allah'ın ilmiyle her şeyi kuşattığını bilmeniz, oğrenmeniz icin. (Talak Suresi, 12)
"Goklerde ve yerde zerre ağırlığınca hic bir şey O'ndan uzak (saklı) kalmaz. Bundan daha kucuk olanı da, daha buyuk olanı da, istisnasız, mutlaka apacık bir kitapta (yazılı)dır.(Sebe Suresi, 3)
__________________