Bir grup bilim adamı kayıp şehir Atlantis’in yerini tespit eder. Sanıldığı uzere Atlantis dunyada değil, Pegasus Galaksisi’ndedir. Populer Stargate SG-1 dizisinin alternatif devamı olarak cekilen bu dizide, Diplomat Dr. Elizabeth Weir’ın onculuğunde farklı milletlerden gelen bir bilim adamı ve asker grubu, Atlantis’e doğru geri donuşu olmayan bir yolculuğa cıkarlar. Gorevleri buyuk guclere sahip kadim ırklar tarafından inşa edildiği anlaşılan bu şehrin gizemlerini araştırmak ve keşiflerini dunyaya getirmektir. Ancak geri donuşleri, bunu sağlayacak teknolojiyi Atlantis’te bulmalarına bağlıdır; hicbir destek veya kurtarma gorevi olmayacaktır.