Yat Limanı arkasında bulunan kalede yer alan Marmaris Muzesi, kalenin 1980–1990 yılları arasında restore edilmesiyle 1991 yılında ziyarete acılmıştır.Beşik tonozlu giriş bahceye acılmaktadır.Avlunun sağındaki ve solundaki merdivenler surlara cıkış sağlamaktadır.Beşik tonozlu mekanlardan ikisi Arkeoloji Salonu olarak duzenlemiştir.
Bu salonlarda Helenistik, Roma, Bizans donemlerine ait amphoralar ile Knidos, Burgaz, Hisaronu kazılarından cıkarılan pişmiş toprak kandiller, figurinler, cam eserler, sikkeler, sus eşyaları sergilenmektedir.
Etnografya Salonu’nda ise, Osmanlı donemi sonuna tarihlenen gunluk yaşamla ilgili dokuma, halı, kilim, mobilya, bakır mutfak eşyaları, silahlar, takılar sergilenmektedir.Ayrıca bahcede de ceşitli taş eserler bulunmaktadır.

__________________